南京江豚水生生物保护协会与大熊猫国家公园、三江源国家公园等国内国家公园等各大保护区长期合作外，还积极与 “一带一路” 沿线的非洲、东南亚、南亚等国家的自然保护地机构进行交流合作，创新“自然栖息地和国家公园系列”自然教育研学课程，提升长江江豚自然教育能力与水平。如2023暑期组织开展的“马来西亚婆罗洲生物多样性考察研学活动”，学生在中国和马来西亚双方生物科普老师的带领下，先后探访了6个国家公园，参与海龟、伊洛瓦底江豚等保护和研究课题项目，收获知识之余，加强双方生态环保领域交流，为绿色发展作出贡献。