主要业务范围包括:开展江豚水生生物保护科普宣传、环境保护、水生生物救助、资源监测、生态修复、学术交流、会员交流等活动。
2022年,南京江豚水生生物保护协会发起成立了南京长江生态影像江豚摄影队,江豚摄影队是一支由南京市摄影工作者、摄影爱好者自愿组成的专业性、非营利性的组织,同时也是南京市首支专注于长江江豚和生态保护的公益性摄影队。2022年江豚摄影队立足自身建设,制定了《会员管理办法草案》等规章制度、共招募首批100位公益摄影师,制作发放摄影师证件和马甲;摄影队还先后组织了新济洲、绿水湾等多地多场摄影公益采风活动,为社会公益宣传提供了大量宣传素材;全年共进行生态公益主题创作影像作品超3000幅。