南京江豚水生生物保护协会自发起成立伊始建立发展了众多志愿者队伍，其中大学生志愿者是其中一股重要的力量。志愿服务团队在协会指导下，在校内外配合协会开展科普宣教和科研监测工作，取得了社会各界一致好评。

2015年12月，协会第一个分支机构——南京师范大学分会成立，这是南京首支高校江豚保护志愿者团队；2016年12月，第二个分会——江苏第二师范学院分会成立。此后，协会陆续在河海大学、南京林业大学、金陵科技学院、南京森林警察学院、南京艺术学院、南京大学金陵学院、东南大学成贤学院、南航金城学院、中国林科院南京分部等高校设立志愿者服务基地或志愿服务项目。