协会坚持每年组织开展生物多样性社会同步调查活动，依托“5.22国际生物多样性日” ，通过专业培训和实践，让民众参与生物多样性保护工作，感受长江生物多样性之美。“2022年南京长江生物多样性夏季同步调查活动” 、“2023年南京生物多样性夏季同步调查活动” 由南京市生态环境局指导，南京江豚水生生物保护协会联合南京市生态环境保护宣传教育中心、江苏省动物学会等单位共同组织开展，活动邀请了高校、机构、自然爱好者、生态摄影师、市民志愿者在南京老山、紫金山、幕府山、青龙山、绿水湾湿地公园、龙袍湿地公园、鱼嘴湿地公园七个生物多样性热点区域同步举行，共有九十多位生物多样性社会调查员、观察员开展了生物多样性社会同步调查活动，通过数据和影像记录夏季南京长江沿岸及湿地生物多样性情况，通过公众参与扩大长江生物多样性保护社会影响力，助力长江大保护。