2016年起，协会承担了南京长江江豚省级自然保护区人工岸线固定监测工作，我们的监测员一年四季坚守江边，工作在南京江豚栖息地的最前沿，记录了野外江豚的活动规律，拍摄了大量表现江豚行为的珍贵影像，及时报告了各类对江豚生存栖息不利的人为活动，为南京江豚保护、研究、社会宣传、保护建设管理工作提供了珍贵资料和重要依据。

监测员中，有退捕转产渔民、有沿江单位工作人员、也有社会热心人士，他们会对江豚出现和消失的时间、头数、行为等信息进行记录，拍照、摄像记录江豚的活动；还会记录监测点周边环境情况，每天是否发生异常情况、异常情况的类型、发生时段、具体位置、情况经过、采取的措施和结果等信息。如发现异常情况，将第一时间上报。